Elektroforēzes sistēma sastāv no divām galvenajām sastāvdaļām: barošanas avota un elektroforēzes kameras. Barošanas avots nodrošina strāvu. "Jauda" šajā gadījumā ir elektrība. Elektroenerģija, kas nāk no barošanas avota, plūst vienā virzienā no viena elektroforēzes kameras gala uz otru. Kameras katods un anods piesaista pretēji lādētas daļiņas.
Elektroforēzes kameras iekšpusē ir paplāte — precīzāk, liešanas paplāte. Lējuma paplāte sastāv no šādām daļām: stikla plāksnīte, kas atrodas liešanas paplātes apakšā. Gels tiek turēts liešanas paplātē. "Ķemme" izskatās pēc tās nosaukuma. Ķemme ir ievietota spraugās liešanas paplātes sānos. To ievieto spraugās PIRMS karstās, izkusušās želejas ieliešanas. Pēc želejas sacietēšanas ķemme tiek izņemta. Ķemmes "zobi" atstāj mazus caurumus želejā, ko mēs saucam par "akām". Akas veidojas, kad ap ķemmes zobiem sacietē karstais, izkusušais gēls. Ķemme tiek izvilkta pēc želejas atdzišanas, atstājot akas. Akas nodrošina vietu, kur ievietot daļiņas, kuras vēlaties pārbaudīt. Personai ir jābūt ļoti uzmanīgai, lai, iekraujot daļiņas, neizjauktu želeju. Gela plaisāšana vai plīsums, iespējams, ietekmēs jūsu rezultātus.